Agenda utama Pusham UII adalah pada tiga agenda kunci, yakni: (1) Penguatan, pemajuan, dan pengarusutamaan hak asasi manusia pada level masyarakat maupun kelembagaan struktural; (2) Penguatan demokrasi terutama pada pendampingan kepada kelompok rentan; dan (3) Pewujudan negara hukum. Tiga agenda kunci tersebut diimplementasikan dalam program yang mencakup aktivitas: penelitian, publikasi, pendidikan dan pelatihan, serta advokasi kebijakan. Untuk menerjemahkan tiga agenda kunci dan empat pilar tersebut, Puham UII membentuk dua bidang organisasi, yaitu Bidang Riset dan Publikasi, serta Bidang Media dan Jaringan.

Bidang Riset dan Publikasi berangkat dari kebutuhan atas penyediaan data (evidance based) pada agenda-agenda kunci Pusham UII, sedangkan Bidang Media dan Jaringan sebagai sarana untuk menyebarluaskan hasil kerja dan respon atas isu publik Pusham UII. Selain itu, Bidang Media dan Jaringan juga sebagai respon atas kebutuhan terhadap keterikatan/engagement Pusham UII dengan masyarakat luas.